Els béns que posseïen procedien de donacions i de testaments i d'ells no obtenien uns rendiments econòmics òptims.

Els il·lustrats de les darreries del segle XVIII com Jovellanos i Campomanes ja havien proposat la supressió dels béns de mà morta com a remei per a la malparada hisenda pública d'aquells temps.

El Trienni liberal (1820-1823), que encapçalà el general Riego amb el seu pronunciament a Las Cabezas de San Juan, va proclamar la restauració de la Constitució de Cadis(1812) i obligar Ferran VII a acatar-la; restablí la monarquia parlamentària com a forma de govern. Les corts del Trienni varen suprimir multitud de monestir i convents i va posar en pública subhasta molts dels béns rústics que posseïa l'Església Catòlica, ordes religiosos o també la pròpia corona. La finalitat d'aquesta venda, a més d'obtenir un ingressos per a la hisenda pública, era retornar al mercat unes terres que consideraven que no eren explotades de manera òptima.

Pares dominics

Una primera exclaustració afectà en aquest període el convent dels pares dominics d'Eivissa. El 1820 l'Ajuntament d'Eivissa va intentar que els dominics tancassin el convent i així poder aprofitar el seu edifici per al seu ús. Tot això ho pogué fer ja que la llei de desamortitzacions afectava els convents amb menys de 12 religiosos i aquest era el cas del convent eivissenc. Aquesta llei anava acompanyada de suggestives invitacions, molt ben retribuïdes a aquells frares que volguessin abandonar el convent. Això era una trampa legal, ja que aconseguien que minvàs el nombre de religiosos i així poder tancar més convents que no arribaven al mínim. Davant d'aquesta situació, els dominics reaccionaren fent un repartiment dels seus frares entre els convents de Mallorca i el d'Eivissa. Els convents que els dominics tenien a Pollença, Lloret de Vista Alegre i Inca hagueren de tancar per no tenir un nombre suficient de pares i els religiosos adscrits a aquestos, passaren a Manacor, Eivissa i Palma, respectivament. A pesar d'aquesta mesura, el convent d'Eivissa va tenir dificultats per assolir el mínim exigit.

Com que, a pesar d'aquestes maniobres, el convent d'Eivissa no tenia el mínim de frares que exigia la llei, els dominics es dirigiren a l'Ajuntament d'Eivissa per tal que intercedís i se'l dispensàs d'aquest requisit. Els regidors s'hi negaren amb rotunditat i decidiren l'exclaustració. Fins i tot algun dels regidors sol·licità que els dominics abandonassin l'illa. Per acord de l'Ajuntament quedà extingit el convent dels dominics i, per resolució del bisbe, es va procedir a realitzar un inventari de tots els béns del convent.

El mes de desembre de 1820 l’acord municipal fou anul·lat pel Cap superior polític de la província que desaprovava la conducta de l’Ajuntament i l’obligà a tornar les coses al seu estat primer. No conforme l’Ajuntament amb la decisió presa pel governador, insistí repetides vegades que el convent no reunia el nombre mínim de frares que marcava la llei i exigia que els frares fossin enviats a Mallorca, que insistia que tenien coneixement que en el convent es reunien persones desafectes al règim. El consistori també exigia que el bisbe designàs una vegada que els dominics abandonessin l’edifici, es designàs un capellà per atendre espiritualment els feligresos de l’església i que es traslladàs allí la parròquia de Sant Pere Apòstol, que en aquell moment tenia la seu a la capella fonda o de Sant Pere, de la Catedral. Apuntaven que la resta de l’edifici el volien destinar a seu de l’Ajuntament, a escola i a presó. En aquell temps l’Ajuntament es trobava a la plaça de la Catedral, on després s’instal·là el Museu Arqueològic.

Aconseguida l’exclaustració, l’edifici passà a mans de l’Ajuntament, i en un primer moment donaren un nou ús a certes parts del convent. Així, l’Ajuntament ordenà que s’allotjassin diverses persones que havien fuit de la Península i s’havien refugiat a Eivissa. Eren constitucionalistes que fugien de les tropes absolutistes franceses, els Cent Mil Fills de Sant Lluís, que, comandats pel duc d’Angulema, envaïren la Península en defensa de l’absolutisme Ferrandí. Entre aquestes persones hi havia el jutge de primera instància del partit de Gandia, Joaquim Peris, que havia estat habilitat per exercir d’advocat a Eivissa, al qual li concediren dues cel·les del convent per a habitació i la part de l’escola de primeres lletres, a despatx.

Contra l’ocupació francesa és destacable la proposta que va fer Antoni Riquer i Arabi, el famós corsari eivissenc a qui se li dedicà un monument al port d’Eivissa, d’armar diverses naus per anar en ajuda de Cartagena, assetjada per les tropes franceses. Pagà de la seua butxaca bona part de les despeses i sota el comandament del general Torrijos, les forces eivissenques s’empraren com a artillers en la defensa de Cartagena.

Tot això ho hem d'enquadrar en el moment i els capellans i frares, juntament amb els ordes religiosos femenins, eren un greu obstacle per a les idees liberals que s'havien imposat durant el Trienni. El seu integrisme bel·ligerant va fer que molts els vessin com l'enemic a combatre. Un exemple del que deim ho trobam en les cròniques d’Isidor Macabich: el govern constitucionalista va obligar que cada diumenge s’explicàs alguna cosa de la Constitució de 1812 en la predicació. En el cas de Vila el bisbat va designar per a aquesta obligació el canonge penitencier Lluc Prats Arabí Barda, natural de Sant Antoni de Portmany que desenvolupà aquest encàrrec a l’església de l’Hospitalet. Finalitzat el primer sermó que pronuncià, fou denunciat davant dels jutge per considerar que la prèdica que havia fet era justament contrària a la constitució.

Per substituir-lo, el bisbe designà el pare dominic Jaume Riera, que era mestre de llatinitat, cosa que tampoc va satisfer l’Ajuntament, que considerava que els frares del convent eren tots desafectes a la Constitució i, segons s’apuntava, eren considerats els autors d’uns versets i d’un ninot que havien fet per menysprear els partidaris de la constitució.

Amb la recuperació del poder absolut per part de Ferran VII, s’inicià la tercera i última etapa del govern del monarca, la que es coneix com la Dècada ominosa. A Eivissa, el novembre de 1823 va prendre possessió l’anterior ajuntament perpetu, presidit per Marià Montero. Es produí diversos intents de revoltes, principalment de pagesos, ja que se’ls reclamaven les contribucions endarrerides. La repressió contra els constitucionalistes fou molt dura, però així i tot, es perdonà l’atreviment del corsari Riquer, que juntament amb molts d’altres, abjurà de les seues idees anterior i abraçà l’absolutisme de Ferran VII.

Els dominics recuperaren el convent durant deu anys, fins que es va produir l’exclaustració definitiva.