Amb el temps, aquest temple, que ja no complia les funcions que li deixaren com a reminiscència el seu nom popular, passà a l´advocació de la Mare de Déu del Patrocini.

La nova ubicació de l´hospital, realitzada el 1849, a l´edifici que havia estat l´hospici, construït per mandat del primer bisbe de la nostra diòcesi, Manuel Abad y Lasierra, i ampliat pel seu successor Eustaquio de Azara, continuà amb l´ajuda dels bisbes. En especial es recorda el bisbe Basilio Antonio Carrasco, que exercí entre 1831 i 1852, que es preocupà de manera especial en el manteniment de l´hospital públic de la ciutat d´Eivissa.

Al llarg de la història, diversos eivissencs benestants donaren en les seues disposicions testamentàries diverses quantitats de diners i de béns per a l´hospital; en aquell moment apuntàvem la donació del polític i patrici eivissenc Antoni Palau de Mesa. De 1897 ens deixa Macabich la nota de la donació que va fer en el seu testament la senyora Josepa Ferrer Wallis, que es dedicà a la realització d´unes obres i que foren adjudicades al mestre picapedrer Pere Pujol Forn nou, que s´iniciaren el setembre d´aquell any.

A l´inici del segle XX es diu en un informe, que l´hospital donava assistència benèfica a tots els malalts i vells pobres i als accidentats habitants de les dues illes. També es deia que tenia una sala exclusiva per a militars. Tenia una cabuda d´un centenar de persones d´ambdós sexes. Es trobava regentat i administrat per una junta de patronat, de la qual l´alcalde d´Eivissa n´era el president nat. Les despeses de l´hospital anaven a càrrec de tots els municipis de les illes, mitjançant un prorrateig segons els habitants de cada un d´ells; comptava també amb una petita subvenció de la Diputació Provincial; el pressupost era d´unes 10.500 pessetes anuals. La inclusa, instal·lada vora el Portal Nou depenia de la Diputació.

Les diputacions provincials tenien entre les seues competències, la de tenir cura de la beneficència i de les cases d´expòsits. Pel que feia a les Balears, a més d´assessorar els diferents municipis i exercir una mena de mancomunitat per resoldre problemes entre municipis, també tenia la competència del manteniment de diversos camins que afectaven a més d´un municipi.

Aquest organisme de l´administració local, les diputacions, va néixer amb la Constitució de 1812; era un òrgan entès com a junta d´individus que col·laboraven en el govern de la província amb la finalitat de promoure la prosperitat d´aquesta. Des d´un principi, la Diputació Provincial de Balears va tenir l´incovenient que el reglament general de les diputacions no s´adaptava al fet plurinsular de l´arxipèlag balear.

Des del moment de la seua creació, la Diputació de Balears es va fer càrrec de la Casa de Misericòrdia de Palma, que era una institució benèfica fundada el 1565 per la Companyia de Jesús. La Misericòrdia acollia els orfes i pobres, juntament amb les persones desvalgudes. Aquest model de casa de beneficència també es donava en establiments d´altres llocs d´arreu d´Espanya. A les Pitiüses foren nombroses al llarg del temps les múltiples notícies i queixes que es tenien de la intervenció de la Diputació Provincial en el sosteniment i manteniment de l´hospital d´Eivissa, que era molt inferior al que sufragava per a altres establiments, com la Casa de la Misericòrdia i el sosteniment d´un establiment per a malalts mentals a Palma, però que no tenia la seua correspondència a les illes menors. Vegem-ne alguns exemples:

El mes de gener de 1897 era notícia que la Diputació havia tramès a l´Ajuntament d´Eivissa el projecte d´un nos cos de l´edifici de l´Hospital Civil.

El juliol de 1899, la Diputació Provincial remetia 5.000 pessetes destinades a liquidar els endarreriments que es devien a les dides i empleats de la Inclusa.

Dificultats económiques

El Diario de Ibiza de 16 de juny de 1899 deia que la Diputació tenia totalment abandonada la inclusa d´Eivissa i que devia moltes mensualitats als seus empleats. Davant les repetides queixes, es pagà nou mesos endarrerits a les dides i la Diputació no es trobava al dia amb les seues obligacions ja que els ajuntaments de les Pitiüses no pagaven la part corresponent dels impostos que havien d´ingressar als comptes de la Diputació. El president de la Diputació autoritzà que els ajuntaments pitiüsos ingressessin directament a la inclusa el contingent provincial que corresponia a la seua institució.

Les càrregues tan oneroses que significava l´Hospital de pobres per a uns ajuntaments com els de les Pitiüses, i en especial per all d´Eivissa, que tenia deutes per tot arreu i amb la Diputació Provincial, des de feia més de vint anys tenia un deute enorme, causat entre altres coses per haver d´assumir la major part de les despeses de l´Hospital i del Col·legi de Segon Ensenyament. Per tot així no és estrany que durant la segona meitat del segle XIX, va intentar diverses vegades que la Diputació es fes càrrec de l´Hospital. Cal recordar que aquest establiment oferia auxili a tota la població de l´illa. Així el juliol de 1905 trobam aquesta notícia: «A propuesta de la Comisión de Beneficencia (de la Diputació Provincial) se acordó desestimar una solicitud del Ayuntamiento de Ibiza pidiendo que la Diputación se haga cargo del Hospital de aquella Ciudad, pues resulta que dicho Ayuntamiento es el que mayor subvención recibe de los de la provincia para atender a dicho Servicio».

Al cap d´uns anys, ja no és l´Ajuntament sinó que és la Diputació la que proveeix algunes places vacants de l´Hospital, que ja apareix amb el nom d´Hospital Provincial de Eivissa, cosa que demostra que la Diputació s´havia fet càrrec del mateix: «Relación de los destinos vacantes que han de proveerse con sujeción a los preceptos de la ley de 10 de Julio de 1885 i Reales órdenes de 31 de mayo y 23 de septiembre de 1891, expedidas por la Presidencia del Consejo de Ministros. Diputación provincial de Baleares. Hospital provincial de Ibiza, tercera categoría, Administrador con 620 pesetas, 2.000 pesetas de fianza y justificar poder prestarla.

(...)

Nota.-Las instancias solicitando los destinos que se anuncian han de presentarse por conducto de los Gobiernos o Comandantes Militares y tener entrada en este Ministerio hasta el día 31 de agosto».

En els anys vint del segle XX la Diputació ja s´havia fet càrrec de la gestió de l´Hospital d´Eivissa, però això queda per un proper capítol.