Además del largo registro de las oficinas de la discoteca Amnesia, que el primer día duró nada menos que 17 horas y el segundo otras siete u ocho, los agentes de la policía judicial de la Guardia Civil y de la Unidad Central Operativa (UCO) entraron en los domicilios de los cuatro sospechosos en la isla. Lo hicieron, al igual que en el caso de la oficina del local, a primera hora de la mañana, y en algunos casos tiraron abajo las puertas de los domicilios, para lo que emplearon arietes. En total, la Guardia Civil realizó numerosos registros. Tantos, que habrían sido necesarias muchas comisiones judiciales para acompañar a cada uno de los equipos, lo cual resulta imposible. Por tanto, en algunos de los registros domiciliarios los agentes de la Guardia Civil tuvieron que pedir a varios vecinos que hicieran de testigos de las intervenciones. Todos los registros se realizaron de forma simultánea con el fin de evitar que la información sobre la operación se filtrara. Además de las intervenciones en las oficinas de la discoteca y de los domicilios de Ibiza, los agentes de la Guardia Civil también registraron domicilios y locales de Barcelona y, en Ibiza, también abrieron varias cajas de seguridad en al menos tres oficinas bancarias. Los investigadores también se han quedado con los teléfonos móviles de los cuatro detenidos con el fin de revisar su contenido. Una parte de los agentes de la policía judicial de Palma que viajaron a Ibiza para esta operación contra Amnesia ya han regresado a Mallorca, mientras que otros se han quedado en Ibiza para continuar con la investigación.
