Formentera merece un apartado especial, porque, en aquel entonces, mediados del siglo XVI, y en palabras del propio Calvi, allí «los moros están ordinariamente como en sus casas». En una carta fechada el 10 de enero de 1555, el ingeniero proponía al príncipe la construcción de dos fortalezas, y acompañaba su sugerencia con el ejemplo de catorce barcos enemigos que acababan de partir de s'Espalmador para atacar la costa alicantina y asegurando a su majestad que las obras podrían hacerse a un bajo coste que, en cualquier caso, compensaría las millonarias pérdidas que los corsarios argelinos y turcos provocaban al reino. No pasó mucho tiempo hasta que encargaron a Giovanni Battista Calvi que se ocupara de elaborar un presupuesto, aunque ya advertían de que la jurisdicción eclesiástica sobre la isla, que pertenecía al arzobispo y no al rey, podía representar un problema.
Pero Calvi no pudo visitar la isla, al menos en su primer viaje a Balears, ni para dibujarla en un mapa porque los piratas, desde luego, no abandonaron las aguas de es Freus para ponérselo fácil. Ya desde Mallorca, Calvi contaba: «De la isla de Formentera no pude hacer la traza como le escribí a su alteza porque había por estos mares doce galeotas que se quedaban normalmente en esa isla» (las cartas de esta época están escritas en un antiguo italiano y, con el tiempo, Calvi irá incorporando a ellas el español). Según explica Damià Martínez, ya no hay más referencias al proyecto de fortificar Formentera hasta 1560, año en el que regresa a las Pitiüses, cuando quizás Calvi sí pudiera acercarse a Formentera y cuando vuelve a mencionar al rey el plan de fortificarla, apoyando las pretensiones del aristócrata portugués Ruy Gómez de Silva, el príncipe de Éboli, que se ofreció al monarca a financiar las obras si le cedía la isla. Crearía en ella un pueblo de 300 vecinos para que la labraran, y, según señalaba Calvi, «ello sería un gran beneficio para todas las otras islas y toda la costa de España y su navegación». Pero Formentera nunca fue de Ruy Gómez de Silva, jamás se construyeron las dos fortalezas y los piratas, realmente, sólo dejaron de ejercer presión sobre el Mediterráneo en 1830, cuando Francia tomó Argelia.
