La nueva estructura de Segi se ocultaba por medio de una doble dirección, a semejanza de la propia ETA en KAS-EKIN. Así, una parte de los integrantes de la dirección de Segi se parapetaron tras la asociación Gazte Indepedentistak –Jóvenes Independentistas– que se reunían en los denominados gaztetxes para seguir ejerciendo su tarea pública, mientras que otro núcleo dirigente realizaba las labores clandestinas de la organización. En cuanto a su financiación, se ha podido constatar y acreditar una red de gaztetxes en la comarca de Pamplona, de cuya gestión económica se beneficiaría la organización ilegal. Durante una comparecencia en el Congreso, Rubalcaba dijo que la operación tuvo como objetivos impedir que organizaciones declaradas ilegales por el Tribunal Supremo se rehagan, evitar que ETA disponga de «cantera» y luchar contra la violencia callejera, de la que Segi está considerada responsable. «No queremos que haya ningún tipo de impunidad en el País Vasco», subrayó el ministro.