El objetivo del club será la permanencia en la categoría

El San Rafael tendrá el honor de jugar por tercera vez en su historia en la Tercera División en sus 46 años de historia. Su primera participación tuvo lugar en la temporada 1990-91, en la que jugaron cinco equipos pitiusos, Peña Deportiva, Ibiza, Hospitalet, Portmany y el propio San Rafael, que, con Toni Arabí en el banquillo, tuvo que descender en los despachos tras bajar dos conjuntos baleares de Segunda División B a Tercera. Su segunda incursión en categoría nacional tuvo lugar en la campaña 2002-03 con Pepe Arabí como técnico. Los rafelers quedaron últimos y bajaron a Regional. La próxima temporada 2009-10 afrontará su tercera presencia en Tercera con el objetivo de mantenerse en la categoría.